服務簡介
HALO可實現跨組織和細胞系的核酸探針定量分析，在細胞基礎上測量雙色和/或銀標記的DNA或RNA的ISH探針，從而能夠快速的將組織中每個細胞的基因表達譜置于整體環境中，支持包括RNAscope在內的單重或雙重RNA ISH分析。
單重RNA ISH分析
示例：用單重RNA ISH探針（棕色）和蘇木精復染劑探測腎臟切片
陰性細胞在圖像中標記為白色，而陽性細胞的RNA探針則根據它們的RNAscope分數標記為深淺不一的紅色：1-3個探針點記+1分，標記為淺粉色；4-9個探針點記+2分，標記為深粉紅色；10-13個探針點記+3分，標記為淡紅色；大于14個探針點記+4分，標記為暗紅色。
雙重RNA ISH分析
示例：在腫瘤中使用紅色和藍色探針的雙重RNA ISH分析
以白色覆蓋標記陰性細胞，僅對紅色探針呈陽性的細胞則根據RNAscope評分標記為深淺不一的紅色，而僅對藍色探針呈陽性的細胞則根據RNAscope評分標記為深淺不一的綠色（與單重探針的分析一致），同時對兩種探針均呈陽性的細胞會以黃色表示紅色:藍色探針的比例。
雙重DNA ISH分析
示例：雙重DNA ISH分析
與雙重RNA ISH實驗一樣，只含有紅色探針的細胞標記為紅色，只含有黑色探針的細胞標記為綠色，同時含有兩種探針的細胞標記為黃色，不含探針的細胞標記為白色。
區域的定量分析
利用HALO可報告細胞總數、標記點的總數、標記點的總面積、每個細胞或組織每單位面積上的標記點的平均數量、每個細胞或組織每單位面積上的標記點的平均面積，以及RNAscope得分0、1+、2+、3+和4+為計算依據的細胞數量和百分比。當存在兩個探針時，還可以報告探針1與探針2的比率，并且能自動生成直方圖，表示每個細胞中探針的頻率分布（圖1）和細胞的RNAScope得分（圖2）。
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圖1 顯示了以細胞為單元的探針數量分布曲線，在這個例子中，大多數細胞顯示為每個細胞中有0-5個探針拷貝。 圖2顯示了分別歸類為0、1+、2+、3+和4+的細胞數量。圖中顯示RNA探針表達陽性的細胞占比較少。
單個細胞的ISH-IHC定量分析
HALO可實現針對逐個細胞的ISH-IHC定量分析，在細胞基礎上同時測量一種IHC染色和至多雙色和/或銀標記的DNA或RNA的ISH探針，從而能夠快速的將組織中每個細胞的相應蛋白和基因表達譜置于整體環境中，支持包括RNAscope在內的單重或雙重IHC-ISH分析。
下圖展示了一個ISH-IHC量化的示例：
CD3免疫組化與RNA ISH探針聯合進行同樣的（紅色）蘇木精復染。圖中CD3陰性的細胞標記為藍色，CD3陽性的細胞標記為綠色。ISH探針點根據其在細胞內被識別的大小以不同深淺的紅色高亮表示。免疫組化染色可在任意間隔的細胞核、細胞質和/或膜中被識別和定量。在本示例中雖然使用的是細胞質半徑來識別細胞邊界，但如果使用了膜免疫組化標記，則可以使用它來定義細胞邊界，從而更準確的識別每個細胞的細胞間隔。
具體可提供的分析包括但不限于以下內容：
IHC陽性細胞總數及百分比、IHC OD平均值
特定細胞區域的IHC陽性細胞總數、百分比及IHC OD平均值
探針1和/或探針2陽性細胞的數量及百分比
每個細胞或每個細胞區域的探針1和探針2拷貝數
針對探針1和探針2的細胞得分（0，+1，+2，+3和+4）
每種探針的總H-score
IHC標記和探針1和/探針2（雙陽性和三陽性細胞）的細胞總數和百分比
生成直方圖，展示每種細胞探針的頻率分布（圖1）和RNAscope細胞評分（圖2）
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圖1 顯示了以細胞為單元的探針數量分布曲線，在這個例子中，大多數細胞顯示為每個細胞中有0-5個探針拷貝。圖2 顯示了分別歸類為0、1+、2+、3+和4+的細胞數量。
單重或雙重IHC-ISH分析
可針對逐個細胞測量任何數量的熒光標記的DNA/RNA ISH探針和免疫熒光（IF）蛋白生物標志物， 從而能夠快速的將組織中每個細胞的相應蛋白和基因表達譜置于整體環境中， 支持包括RNAscope在內的單重或雙重IHC-ISH分析。
下圖是FISH-IF定量分析的一個示例，使用DAPI和一個IF標記的膜生物標記（青色）來識別感興趣的細胞， 在這些細胞中測量RNA FISH探針（粉紅色）。 表達膜生物標志物的細胞用青色標出，FISH探針點則用粉紅色標出。 IF的點能在任意區域的細胞核、細胞質和/或膜中被鑒別并定量分析。
具體可提供的分析包括但不限于以下內容：
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IF陽性細胞總數及百分比; 特定細胞區域的IF陽性細胞總數及百分比; IF強度的平均值; 特定細胞區域IF強度的平均值; 探針陽性細胞的數量及百分比; 每個細胞或每個細胞區域的探針拷貝數; |
針對每種探針的細胞得分（0，+1，+2，+3和+4）; 每種探針的總H-score; 根據IF和探針的陽性情況來定義細胞表型; 可實現在細胞基礎上對無限數量的DNA/RNA ISH探針進行量化; 支持包括RNAscope在內的大多數多重RNA FISH分析。 |
該圖是一個球形癌細胞的雙重RNAscope分析，使用核染料DAPI識別單個細胞，并在細胞邊界內測量多重的紅色及綠色探針（每個細胞的探針點數和每個細胞的探針面積），可實現對每個細胞或整個分析區域中每個探針的平均數量的分析。在分析標記圖像中，僅對紅色探針呈陽性的細胞用不同深淺的紅色高亮顯示，僅對綠色探針呈陽性的細胞用不同深淺的綠色高亮顯示，同時對兩種探針呈陽性的細胞則用黃色高亮顯示。顏色底紋由探針數量和相應的RNAscope H-score決定，深色=低表達，淺色=高表達。
